处理母公司付款而发票开成子公司的情况，一般需要按照如下步骤： 首先，要么母公司自行付款，要么子公司按照母公司的要求委托付款，并且确保付款金额与发票金额一致； 其次，母公司需要提交付款凭据（如转账回单、支票等），以及获得的发票给子公司，进行发票交换； 再次，母公司可能会出具购买发票（或称月结发票），说明购买方是母公司，销售方是子公司，以完成税收管理； 最后，子公司可能要求母公司发送款项核验函，确认款项已经到位，完成上述处理后可以解决该问题。 拓展知识： 另外，企业之间也可以形成赊账交易关系，其中母公司不仅仅能够提供物资赊账，还可以提供服务赊账，这样可以帮助母公司更好地控制财务风险，甚至可以节约税务成本。