根据《中华人民共和国发票管理条例》的规定，法人名下的两个公司的其他往来款一般是可以用发票冲抵的，但是需要符合下列条件：首先，必须是双方在价款金额、结算方式、货物或服务等均有调节的情况下共同达成的约定；其次，法定代表人或负责人能够证明发票与两家公司之间的往来款项有一定的关联；再次，被冲销的发票须具备是有效发票，且两家公司之间的结算应已税种、税额和实收金额确定，以及双方双边确认出具发票，并且实施了实物货物或服务的供应及收费。否则，就存在可能无法冲抵的可能性。 此外，在双方所签订的合同中，要明确指出发票的冲抵权以及必要的税收申报要求，以及相关的核查程序。以免出现后期经营过程中因着发票抵冲的原因而发生争议，造成双方的经济损失。