员工A在其他公司申报个税的时候，不应该会自动跳出5000元的专项扣除。一般来说，个人在一个纳税年度内可以从收入中扣除同类型的专项扣除，但是在不同的纳税年度之间报税，需要在新的申报年度确认扣除额度，包括5000元专项扣除。 此外，不同公司之间的专项扣除可以累计。比如，员工A在今年已经在我们公司申报了5000元的专项扣除，到了下个申报年度，可以累计之前本公司与其他公司申报的扣除额度，增加税收优惠。 个人申报个税时，合理利用专项扣除，可以减少个人所得税负担。因此在不同公司之间，应当合理使用专项扣除，以减轻纳税负担。