在代付工资的情况下，为了保证工程款分录不受影响，可以采取以下方案： 1、将工程款分录和工资支付分开记录； 2、在工资支付时，通过财务账户把工程款和工资支付分开进行； 3、财务部门进行双重现金管理，专门用一部分现金支付工资，另一部分现金把工程款分录另行储存起来； 4、确保资金来源的完整性，并定期追踪财务状况。 上述是保证工程款分录不受影响的常见方式，还有更多的其他方式，有助于提高财务管理的高效性和准确性，如建立财务审计制度，提高财务管理水平；实施严格的记账制度，精确记录经费支出情况；实行原始资料查验制度，以确保费用的正确性。