是的，根据《外贸出口退税政策》和《外贸出口综合税收政策》的规定，您可以不使用公司账户进行付款，可以用现金支付运输费用。由于运输发票所开具的运费是个体户收取的，因此您可以不使用公司账户支付运费，但要求运输发票上注明付款方式，以证明您所使用的现金支付款项是正当的。 此外，如果您使用公司账户支付的话，也可以获得税收优惠，因为公司账户确保了费用的可追溯性，可以更有效地执行退税政策，减少政府的审核时间，更快地实现退税。