水利建设基金的计税基础是含税收入。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十四条规定，特定财产和收入征税时，不以税收征纳者视为征税对象，以税收所有者视为征税对象，因此水利建设基金计税基础是含税收入。 此外，根据中华人民共和国政府财政部《关于延长城镇水利建设基金收入税收优惠政策期限的通知》，城镇水利建设基金收入被视为是进项税额的结转入账，属于含税收入，因此在计税基础上也是采用含税收入。 拓展知识：税收综合改革是指通过改革税收体系、税收政策和税收制度，实现财政收入稳定增长，优化经济结构和资源配置，提升经济发展效率，激发投资活力的改革和研究。税收综合改革的主要改革方向主要是改善财税关系，完善财税分类，减少税收收入，增强财政财政效率，按劳分配，简化税收政策，确保税收继承，改善税收征管，改进税收制度等。