农村合作社能够开具专票，但是他们开的专票无法抵扣树苗发票，如果想要抵扣树苗发票，那么必须要申请一个普通税号，然后开具普通发票，这种发票一般普通企业可以开具，而且可以申请税务机构审核授权之后，按照国家规定比例抵扣树苗发票。 拓展知识：随着政策调整，为了更好地稳定森林及绿化的发展，国家对抵扣树苗发票的政策也在不断调整，例如，企业投资造林的投资财富，以及在共建苗圃的投资，现在可以是投资企业税金的抵扣，以及政府补助抵扣，而这些补助政策也在不断优化，所以企业投资者可以根据自己的状况申请抵扣发票。