老师好！ 通行费电子普通发票有的是3%的税率，有的是9%的税率，是因为国家对不同类型的服务和商品交易采取不同的税收分类管理。针对相同的服务，在全国范围内出台的税率，不统一，且会随着政策的变化而变化。这是由于不同省份的税收分类和实施机制不同，导致同一种服务的税率、税额等有所不同。 例如，通行费等服务，按照国家有关税收筹划原则，跨省服务消费，采用统一税率和统一税额收取，即不同省份服务消费者，缴纳相同的税款，但不同省份，可能会有不同的税率实施。目前，我国通行费收取税率有3%和9%两种，具体的税率分类，要根据不同省份有关规定来决定。 拓展知识：其实，税率有多种类型，主要有收入税、消费税、财产税、地方税、增值税等，而收入税则可以分为营业税、增值税、个人所得税和企业所得税等，每一种税率都有不同的税率和实施机制，要根据实际情况确定。