根据您所提出的问题，乙公司是否可以直接开票给甲公司，这取决于双方的合同条款和内容。在签订合同时，双方应该明确乙公司开票的内容、金额、发票种类等事宜，以及乙公司开具发票是否要经甲公司审核、是否要经双方协商等等，因此，这需要参照双方在合同中签定的条款。 另外，在代收代付的情况下，乙公司不仅需要对甲公司进行开票，还需要根据双方签定的合同条款，签订代收代付协议，尤其要注意受益人是否有变更，以及是否存在代收代付的限额等。 总之，乙公司最终是否可以将代收代付货款直接开票给甲公司，还是双方必须全额开，要根据双方当初签定的合同条款来决定。此外，对于受益人的确认、收款时间、是否存在代收代付的限额等，也需要双方及时协商，确认完成。