农村自建房的耕地占用税是按建筑物的实际面积计算的。即便采取以非破坏性方式建造的农村自建房，也应按照它们建设范围内实际面积，按照国家规定标准交纳占用耕地税，并且没有省略任何一个税种，以确保耕地利用效果与耕地保护取得好的平衡。在收取占地耕地税时，要严格遵循实际面积原则，精确把握建筑物的边界，把住宅建筑的面积正确算出来，精准计算供税的面积。拓展知识：占地耕地税收取标准有国家规定，一般情况下普通建筑按照其构筑范围内的实际面积计征，但也包括特殊农业用途建筑可以按照实际用地面积来征收。