自然人去税局代开运输发票时，支付方有可能需要代扣代缴个税。具体情况要根据运输发票的用途来判断：一般来说，运输发票是用作货物运输的产品表明文件，发票只是用作用于运输时的票据，并不涉及收入支出。但是，如果发票使用于运输中涉及收入支出，那么支付方就需要进行代扣代缴个税。 拓展知识： 在税收管理上，货物运输经营者必须按照规定要严格遵守税收准则，否则就面临严重的后果。一般来说，货物运输经营者在签发发票时，必须及时、准确地记录发票的内容，并尽到代扣代缴的义务。同时，货物运输经营者还必须定期向主管税务机关申报、缴纳税款，以预防税收违法犯罪行为。