根据《企业所得税法》相关规定，允许捐赠金额扣除就是指在纳税期间，企业发生的捐赠后，可以从应纳税所得额中扣除相应的捐赠金额。 具体而言，《企业所得税法》规定，捐赠的公益性捐赠金额，可以按本规定第三十二条第二款的规定扣除，即纳税人在全年内，对以下收支项目发生的费用凭证所示金额，可以从纳税人的本期应纳税所得额中扣除（即允许扣除的捐赠金额）： （一）捐赠给国家财政部门机关及其他公共福利事业的捐赠，但是不包括党政机关和国家行政机关会议费、培训费等所发生的捐赠； （二）为增进人民福祉、改善自然环境和维护生态平衡而作出的慈善捐赠。 因此，可以看出，某企业2019年度利润总额为40万元的情况下，当年发生的通过当地教育部门向农村义务教育的捐赠5万元，属于按照本规定第三十二条第二款的规定扣除的捐赠，可以允许企业扣除捐赠金额，即5万元。 在税收申报时，企业需要携带有关捐赠凭证，可以有效避免税收违法行为。企业申报其他类型的收入时，还需要做出合理的说明，以确保税务管理是合法的。 拓展知识：捐赠金额扣除是企业减税的一种方式，但并不是所有的捐赠都可以享受扣除，只有符合税法规定的捐赠才能扣除，否则企业就会增加税务违法的风险。因此，在捐赠时，企业应当小心谨慎，务必符合税法规定，以免发生税务上的问题。