当申报个人独资企业的经营所得税时，应当扣除工资和奖金。申报时，对企业支付的工资和奖金应当从经营所得税中扣除，以确定纳税人的实际应纳税所得额。根据《企业所得税法》，企业应当向其雇员支付的工资和奖金，可以从纳税人应纳税所得额中扣除，以减少纳税人应纳税所得额，进而减少纳税人缴纳税款的总额。此外，对于缴纳社会保险金的应减免部分，可以从所得税收入中扣除，以减少纳税人的税收负担。总之，在申报个人独资企业的经营所得税时，应当根据相关法律法规，科学准确地计算应扣除的工资和奖金，以达到纳税义务的履行。