行政事业单位新建项目，工程预付款的比例一般是10%左右，也可以根据不同的行政事业单位来进行灵活调整，由于预付款是由采购主体提前给供应商支付，因此，实际施工支付比例不能超过合同金额的50%，如果超付工程预付款，那么就可能违反了相关法律法规，理论上来说，未经审批的超付行为是违规的，会导致政府采购的不合法性和违规性。另外，为了防范超付行为引发的风险，政府采购中心还会严格执行合同条款，在工程验收合格后才允许支付后续款项，以保障政府采购的完整性和合法性。