首先，个体公商户收款付款频繁，金额较大的风险主要包括：一是资金流向不透明，容易涉及非法交易，导致政府对商户的监管变得更严格；二是由于商户资金流向不透明，容易汇集多种资源，违反货币政策，被货币监管机构处以罚款；三是因为商户收款付款频繁，容易支付和收款人出现误差，造成一定的损失。 为防止商户收款付款频繁，金额较大的风险，有以下的措施：一是做好资金管理，建立收款付款双重检查制度，及时发现交易异常；二是建立完善的审计制度，定期对商户的账户进行审计；三是督促商户建立完善的安全措施，实时监控收款付款行为，及时发现异常行为。