农产品普票进项抵扣应先在网上办税服务厅的待处理农产品里面确认提交，然后在登陆税务机关利用网上纳税申报系统，填写有关发票信息，最后在《增值税纳税申报表（表二）》上根据实际情况，填写发票抵扣信息，确认上传抵扣发票。拓展知识：税收优惠政策中农产品普票进项抵扣的发票，一般企业受益者介入的农产品发票，应为真实可靠的增值税专用发票，不得仿制或是伪造发票，以保证企业税收优惠政策的正当性。