在期末有留抵的情况下，税控系统的服务费是需要只填发生额，不填抵减额。因为根据税务机关的监管要求，在确定税控系统服务费计算方式时，要求应以某一个税种本期发生额计算税控系统服务费，而不应以本期抵减额计算税控系统服务费，因此在税控系统的服务费计算中，应只填发生额，不填抵减额。 拓展知识：税控系统服务费也可以按照一定的比例和支付方式，包括固定收费和按百分比收费，按照年度累计的计算方式，并以公司提供的发票统一计税来计算。