企业实际申报扣除的成本费用与根据发票推算出来的成本费用存在差额主要是由于发票在一些特定情况下计算时会有误差造成的，比如企业在一定时间内购买的物品，比如原料、设备的金额，金额未经修改的情况下，由于在多个时段有所不同，成本也会有所不同，从而影响发票的计算结果。 此外，还有可能是企业实际出具发票时有一定折扣，而在财务系统中计算成本费用时尚未调整，也会导致成本费用参考数据与实际出具发票的金额不一致，以致于产生差额。 针对差额我们需要进行处理，首先要求企业核实发票的详细信息，排除发票出现的问题，其次是要求企业核实财务系统中的税率和折扣是否正确，若存在问题，需要根据实际情况作出调整。拓展知识：在处理差额时，企业可以调整财务系统中金额，也可以对应发票重新修改附加税，以解决发票金额与财务系统计算金额的差额问题。