发放工资是建筑施工企业与农民工签订劳动合同时明确规定的，一般是由甲方负责。但如果签订的劳动合同中未明确规定发放工资的方式，则可以采取乙方（农民工）代为发放的方式。因此，是否由甲方直接发给农民工，取决于签订的劳动合同中应有的条款。 此外，建议甲方和乙方可以考虑采取网络支付的形式，如微信支付、支付宝等，支付金额分布可以在网络上实时监督，乙方收到足额支付之后便可以自主使用，这样可以更有效地保护乙方的合法权益。