根据国家《发票管理办法》，订单内容发生变更，原发票作废，重新开具发票，质保金不再参与支付，新开发票应按照实际支付金额开具。即便是合同中有规定3%质保金，但既然发票已经全额开出，那么质保金也就不再起作用了，不用拿去支付。 拓展知识：质保金是企业或者个人给予买方的一种特殊性押金，用于为买方买到的货物提供保证金的作用，在合同期间，卖方必须按照规定提供货物质量保证，如果货物质量不符合要求，买方可以向卖方提出索赔，卖方可以自行从质保金中抵扣，也可以再次发货补充货物。