处理这种情况时，控股公司和子公司可以根据双方的实际情况，可以签订一份补充协议来弥补控股公司支付的费用。补充协议内容应当包括子公司承担的费用金额，及时间表等内容，内容清楚明确的确保双方的权利义务。 此外，为了节约成本，控股公司可以和子公司协商，在补充协议中规定子公司可以以服务或成果形式抵扣控股公司支付的费用，满足双方需求，降低费用开支，也是一个好的解决方案。 拓展知识：补充协议又称为备忘录、补偿协议，是由两个或多个当事人签署，补充原有合同条款和条件或增加新的条款和条件的书面协议。补充协议对一般合同有改善和完善的作用，可以增加、改变或限制原合同的条款。