如果工程施工企业面临开票收入和按完工百分比确认收入有差异的情况，可以从以下几个方面入手： 首先，企业需要仔细审核收入，确认是否存在哪部分未被开出发票，大约估算未开出发票的收入，从而更加准确地了解收入情况。 其次，企业需要合理拟定工程完工及确认的收入。必要时可以参考历史收入，同时相比上水平的可靠计算，得出客观合理的工程完工及确认收入比例。 最后，企业还要对工程完工情况进行详尽的记录，及时开具发票，确保工程收入的有效性。 总之，开票收入和按完工百分比确认收入有差异的情况可以从审核收入、拟定收入比例、及时开具发票三个方面入手。 拓展知识：此外，企业在工程进行中，还可以尽可能确保收款更有效，尽量避免收款不及时或者不全额而导致收入受损。