这位员工应缴纳的税款计算如下：首先根据当年应纳税所得额的汇总（90000元减去46000元，也就是44000元），根据2020年国家税法规定，超过35000元部分，税率是20%，这部分将缴税9000元；若超过35000元但不超过55000元部分，税率是10%，超过该部分的税率是25%，这部分将缴税7500元；此外，个人所得税还应按每月的累计税额求和，最后乘以3%，计算出应缴所得税个人所得税。拓展知识：除纳税人承担的基本税款外，还应缴纳个税，个税是职业所得税，是按照法律规定，由个人收入所得的税款，是我国国家税收收入的主要来源之一。