这种情况是可以的，甲方可以将票据直接开给乙方，乙方也可以将货物的运费以铁路费的形式付给甲方； 但是在实际操作过程中，需要考虑到税务监督管理局对发票的核对，因此，当运费的付款行为发生时，乙方需要及时准备税务机关相关要求的税务文件，以确保乙方能够提供合规的票据，以便乙方在核对时可以准确说明该笔款项的来源。 另外，乙方在开运费票据时，还要考虑到税负问题，乙方应当充分认识到，铁路运费也属于金融行为，因此，乙方应当根据不同的税负情况进行相应的纳税行为，以确保所得款项的合规性。