这种情况下，是需要按实际发放的工资填写自然人所得税的，但是也不能只按实际工资来确定，因为根据《个人所得税法》规定，单位应该给员工发放可认定的收入，根据实际情况，除交社保外，还包括补充职工社会保险的投资，单位应该发放职工投资基金，直接扣除职工身份代码，也要发放集体补贴等一些可认定的收入，所以实际发放的工资要加上这些可认定的收入才能准确地填写自然人所得税。除此之外，企业还有可能会根据员工的表现支付奖金，采取激励措施提高员工的工作积极性，以及给予某些费用补偿等，这些也要纳入实际发放的总工资计算自然人所得税。 由此可见，填写自然人所得税的时候，按实际发放的工资填写是不够的，还要加上可认定的收入，才能精确地填写自然人所得税。这也是企业必须遵守《个人所得税法》规定，给员工发放可认定的收入的理由之一。