是的，公司可以向员工报销医疗费用后发票可以用来抵扣企业所得税。根据国家税务总局文件第250号发出的《企业所得税减免政策实施细则》，对医疗保险企业提供的有效发票，可以减免所得税，首先需要符合一定条件。第一，有效发票必须存在，其次应交付给财政部门，工作人员应负责保管和使用；第三，该发票不能抵扣其他减免所得税费用；最后，企业必须向财政部门提供发票真实有效的凭证。 拓展知识：企业所得税减免政策并不适用于所有企业，这取决于企业的类型和行业。企业减免费用必须由国家税务部门认可，以确保减免既有效又合理。以上医疗保险发票减免所得税的政策，并不包括个人出资的医疗费用。企业必须根据其行业类型，以及企业的收入，执行不同的减免政策，方能符合税务的要求。