是的，只有开具农产品收购发票，才能申请扣除增值税。按照《增值税收入管理办法》的规定，收购农产品的，可以减免本单位应纳税款，条件是：必须开具农产品收购发票。开票时，必须注明农产品名称、规格、数量和金额等内容，有助于增值税申报。 另外，也可以通过认证、报送农产品收购明细，以及认真维护好农产品收购发票等方式，加强农产品收购管理和收税管理，以及积极申报增值税，以获得最大的减税效益。 拓展： 1、增值税减免的税种：增值税减免的税种包括关税、增值税和船舶税，以及按照国务院相关规定的其他税种。 2、减免的条件：减免的条件包括按照国家规定的减免政策确定的；科研机构按照规定的条件对本单位所投资的科学技术研究开发活动；满足国家规定的条件，可以申请减免税款或者可以适用税率下降的。