处理股权变更未经过电子税务局变更的方法很多，可针对具体情况具体分析。首先，企业可以根据《企业所得税法》届满事宜发票处理办法等法律法规，做好会计核算，将发生的税金及费用报送到税务机关，并准备好申请变更审批所需要的资料；其次，可以对发生的资产负债表变动进行报送，确保不影响企业合法经营活动；最后，可以通过发出公告，将股权变更状况向股东公示，让其他投资者了解企业的状况。拓展知识：在企业变更登记时，若出现实际经营者的变更，除按照合同约定履行相应的程序，同时也要及时准备相关的变更文书，留存起来以备查询。