3%和9%的通行费发票税率是指，购买者在支付高速公路通行费时交纳的增值税率。3%的税率是指企业和个人在购买高速公路通行费时，发票上显示适用增值税税率为3%，以此来区分税负高低，保障购买者的财产安全。而9%的税率指的是对高速公路通行费的发票的税率，按照该税率的纳税人，则应用9%的增值税率来计算税费，从而产生不同的税负大小。 3%的通行费发票税率是一种较低的税率，主要针对正常纳税人，其发生的税负整体比较低，从而有利于提高经济效益，促进社会经济发展。但是，这种税率仅针对正常纳税人应用，建议在缴纳通行费发票时，要认真核对发票属性，避免税负提高。 9%的通行费发票税率是一种较高的税率，主要指的是集团缴纳的高速公路收费发票，其发生的税负整体比较高，但是由于集团受政府税法的不同规定，比如有些集团可以采取免税或负担减免等，因此，在此种情况下，集团仍可以受到一定的财务税收优惠，从而减少企业税负。 以上就是3%和9%高速公路通行费发票税率的区别。总之，3%的税率特别针对正常纳税人，可以有效降低税负；而9%的税率则是对集团缴税，可以受到一定的财务税收优惠。 拓展知识： 在我国，购买高速公路通行费发票的税率，除了3%和9%税率外，还有17%和13%的税率。17%的税率主要针对的是非正常纳税人，而有些地区的税负太高，可以申请13%税率，从而缓解企业税负。