处理已抵扣的专用发票需要按照相关规定进行冲红处理： 1.申请冲红前，有必要请专票工作人员根据实际情况作出详实处理意见，针对已抵扣的专用发票进行冲红处理，防止出现财务问题。 2.进行冲红申请时，需要将原发票正、副本及相关资料提供给专票工作人员，如申请冲红的原因及其他相关的财务凭证，财务部门审核后进行审批。 3.冲红申请通过审核后，将发票填写上“冲红”字样，由专票工作人员进行手工冲红，并在冲红标记一侧填写冲红原因。 4.对于冲红发票，需要注意结算方式，以保证最终财务结算的正确性，以便加强财务管理。 拓展知识：发票冲红是指在发票销售方撤销销售或开具发票时，根据财务规定或合同约定，正式撤销该发票的原始开具的一种税务行政处理方式，一般是由财务部门对开具发票出现问题时处理手续，发票做冲红处理，可以用来避免财务漏税问题。