医药公司设6个连锁店，现在想独立核算，但是医药软件的流水都是走连锁系统到总公司账户里，供应商开票也会到开给总公司，但是备注上能说明是哪个门店的；这样的话我们能单个门店分别核算分别报税吗；就是说银行流水这块走总公司，但是账务上分公司独立核算，收入都基本是不开票收入都是以雨人医药系统为准收入就申报，收入由总公司转给分公司，药品采购款开给总公司单也从分摊到具体门店的明细做成本；人员统一总公司交社保发工资；基本的费用报销都做在总公司；这样可以吗，应该如何处理