你好老师，我们公司是有三级资质的建筑公司，之前借用了其他二级资质的建筑公司承接了一个项目，现在项目要结算，甲方顶账给了一批厂房，价值2700多万，我们公司跟借用资质的公司还有甲方商议，直接将这部分厂房过户到我们公司名下，甲方给我们开具厂房发票，但是甲方还需要借用资质的单位给他开具工程款的发票。想问一下，能签一个协议，不用过户，我们公司再开给借用资质的单位发票作为它的进项可以吗？