公司有个员工在两处获得工资薪金，一家公司收入4万，另一家2000，都设置了每月5000减免费用，现在汇算清缴，需要补税五千多，和我说因为2000的那家公司用了减免费用，导致她要补税。税务局系统里认知她少缴了2000收入那个公司的6万的对应税费（她本人说的，我没理解什么意思）。请问这个2000列入工资薪金也有减免费用，会导致她多交税，并影响她找下一份工作吗。