我们公司是一般纳税人，我是项目的负责人，目前一个项目是工程设计类的，已经完工，此项目合同走的设备采购合同，其中报价清单里80%为设备，有10%设计和10%左右的工程类，项目职工期间设备有过更换及删减，但是现在项目做结算了，甲方要求按照原合同里设备采购的清单来开票，但是我们公司财务说我们当初供应商只有一部分进项票，开不了那么多按照原合同里的清单明细，甲方那边又通融不了，这种情况我们怎么处理呢？