由于电子系统操作上的原因，电子商票有两种清算方式，即线上清算与线下清算。线上清算，指提示付款应答完成后，票据状态为“票据已结清”，票款资金也同步完成了清算;线下清算，指提示付款应答完成后，票据状态为“票据已结清”，还需再通过网银等渠道，完成一笔对应票面金额的支付划款。由于财务公司会对成员企业的账户有资金归集的权限，银行对于成员企业的账户没有划扣权限;另外，绝大多数财务公司都没有跟大额系统实现直连，这是银行无法直接扣划资金的根本原因。如果承兑人属于非直连财务公司成员企业，这类企业就需要线下清算。