差额征税扣除额怎么算 1、可扣减成本的计算。如果“有效凭证”中有适用税率分别有3%、6%、17%等不同税率的发票，在差额征税计算可扣除的成本时应以汇总成本金额/(1+6%)*0.06来扣除。 2、差额征税额=(不含税收入-可扣减成本)/(1+税率)*税率-可抵扣的进项税 上述公司中可抵扣的进项税是指取得的日常经营中的办公用品、电话费、固定资、无形资产、或房屋等增值税专用发票中的税额。