老师，我公司接了项目，人工费通过个税工资薪金申报了100多万，苗木票也开了几百万回来，机械租赁专票也开了几十万回来。工程已经完工，但一直没有开收入发票给甲方，现在甲方说我们公司不符合他们要求，要求我们用另一家公司开收入发票给他们。我想请问，我公司收了这么多成本发票，申报了这么多个税，账务应该怎么处理？