先，来料加工企业在报关出口后就应确认收入。 其次，购进原材料和辅料的进项税额不能抵扣，而应单独核算并计入成本费用。来料加工企业主要原材料和大部分辅料是通过海关进口的，也有小部分辅料是从国内采购的。在国内采购的材料，即使取得增值税专用发票，其进项税额也不能抵扣，而只能计入成本费用。这是因为，按照现行税收政策，来料加工复出口的货物，一律实行“出口免税”管理办法，即进项税额（包括进口料件和国产料件的进项税额）不予抵扣，最后生产加工环节不征税，出口也不退税。这与进料加工贸易不同，进料加工企业使用的国产料件可办理出口退税（必须取得增值税专用发票）。因此，对从事来料加工复出口业务的出口企业，为生产或加工复出口的免税货物而购进的已税原材料、辅料等，其进项税额不能抵扣和办理退税，而应单独核算并转入来料加工经营成本中。若不能单独核算应税和非应税项目的进项税额的，按销售比例分摊其耗用原材料的进项税额。