一、土地增值税清算的概念 国家税务总局关于印发《土地增值税清算管理规程》的通知（国税发[2009]91号）第三条规定，“《规程》所称土地增值税清算，是指纳税人在符合土地增值税清算条件后，依照税收法律、法规及土地增值税有关政策规定，计算房地产开发项目应缴纳的土地增值税税额，并填写《土地增值税清算申报表》，向主管税务机关提供有关资料，办理土地增值税清算手续，结清该房地产项目应缴纳土地增值税税款的行为。” 二、土地增值税的清算单位 根据国家税务总局《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第一条规定，清算单位包括以下两个方面： （1）土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。 （2）开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。 三、土地增值税的清算条件、清算期限及清算资料 （一）清算条件 （1）符合下列情形之一的，纳税人应进行土地增值税的清算： 1.房地产开发项目全部竣工、完成销售的； 2.整体转让未竣工决算房地产开发项目的； 3.直接转让土地使用权的。 （2）符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算： 1.已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的； 2.取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的； 3.纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的； 4.省税务机关规定的其他情况。 （二）清算期限 对于符合清算条件，应进行土地增值税清算的项目，纳税人应当在满足条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续。对于符合第二种清算条件，税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算的项目，由主管税务机关确定是否进行清算；对于确定需要进行清算的项目，由主管税务机关下达清算通知，纳税人应当在收到清算通知之日起90日内办理清算手续。 应进行土地增值税清算的纳税人或经主管税务机关确定需要进行清算的纳税人，在上述规定的期限内拒不清算或不提供清算资料的，主管税务机关可依据《中华人民共和国税收征收管理法》有关规定处理。 （三）纳税人清算土地增值税时应提供的清算资料 1、土地增值税清算表及其附表。 2、房地产开发项目清算说明，主要内容应包括房地产开发项目立项、用地、开发、销售、关联方交易、融资、税款缴纳等基本情况及主管税务机关需要了解的其他情况。 3、项目竣工决算报表、取得土地使用权所支付的地价款凭证、国有土地使用权出让合同、银行贷款利息结算通知单、项目工程合同结算单、商品房购销合同统计表、销售明细表、预售许可证等与转让房地产的收入、成本和费用有关的证明资料。主管税务机关需要相应项目记账凭证的，纳税人还应提供记账凭证复印件。 4、纳税人委托税务中介机构审核鉴证的清算项目，还应报送中介机构出具的《土地增值税清算税款鉴证报告》。 四、非直接销售和自用房地产的收入确定 （一）房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产，其收入按下列方法和顺序确认： 1.按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定； 2.由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。 （二）房地产开发企业将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，如果产权未发生转移，不征收土地增值税，在税款清算时不列收入，不扣除相应的成本和费用。 五、土地增值税的扣除项目 要点 主要规定 扣除项目的规定 可据实扣除的项目 （1）房地产开发企业开发建造的与清算项目配套的居委会和派出所用房、会所、停车场（库）、物业管理场所、变电站、热力站、水厂、文体场馆、学校、幼儿园、托儿所、医院、邮电通讯等公共设施，按以下原则处理：①建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除；②建成后无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除；③建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。 （2）房地产开发企业销售已装修的房屋，其装修费用可以计入房地产开发成本。? （3）房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除。 （4）房地产开发企业为取得土地使用权所支付的契税，应视同“按国家统一规定缴纳的有关费用”，计入“取得土地使用权所支付的金额”中扣除。 （5）房地产开发企业支付给回迁户的不差价款，计入拆迁补偿费；回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。 （6）货币安置拆迁的，房地产开发企业凭合法有效凭据计入拆迁补偿费。 可核定扣除的项目 前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的凭证或资料不符合清算要求或不实的。 不可扣除的项目 （1）除另有规定外，扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。 （2）房地产开发企业的预提费用，除另有规定外，不得扣除。 （3）房地产开发企业在工程竣工验收后，很据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，建筑安装施工企业就质量保证金未对房地产开发企业开具发票的，扣留的保证金不得扣除。 （4）房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除。 六、土地增值税的核定征收 房地产开发企业有下列情形之一的，税务机关可以参照与其开发规模和收入水平相近的当地企业的土地增值税税负情况，按不低于预征率的征收率核定征收土地增值税： （一）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的； （二）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的； （三）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的； （四）符合土地增值税清算条件，未按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的； （五）申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。 七、清算后再转让房地产 在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。 　 单位建筑面积成本费用＝清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积 八、清算后应补税与滞纳金 纳税人按规定预缴土地增值税后，清算补缴的土地增值税，在主管税务机关规定的期限内补缴的，不加收滞纳金。 小结： 土地增值税是综合性和被综合性都很强的一个税种，其计算过程涉及增值税、城建税、耕地占用税、契税、印花税等多个税种，具有综合性；土地增值税也是企业所得税税前可以扣除的税种，使其具有被综合性。房地产企业土地增值税的清算方面，需要弄清清算程度，清算单位，清算条件以及注意事项等，提供齐全的清算资料，了解清算标准等一系列问题。只有将各项问题都清楚明了，才能正确的进行土地增值税的清算。