合资企业是股权式组织，而合作企业是契约式组织。合资企业各方的各种投资形式包括现金、设备、厂房、技术、土地使用权等都要以同一货币单位计算股权，利润的分享和风险的承担都以股权为依据，合营期限也比较长。而合作企业合作各方提供的现金、设备、土地、技术、劳动力等不作为股本投入，利润的分配完全依据各方签订的协议，合营期限一般比合资企业短。