发票勾选认证系统升级后，退税勾选没有变化，抵扣勾选流程已经发生了变化。在增值税发票综合服务平台上做增值税发票抵扣勾选认证，需要对指定的发票先抵扣勾选，再申请统计，然后查询统计结果，统计结果出来后，在正式申报前还要确认签名，确认签名时会要求输入金税盘或者税控盘的证书口令，也就是登录增值税发票综合服务平台时的证书密码。确认签名前可以撤销统计，然后重新抵扣勾选，申请统计，确认签名。