企业长期零申报的害处： 1、税务机关将纳税人纳入重点监控范围，并按照相关规定进行纳税评估，在评估过程中发现其存在隐瞒收入、虚开发票等行为，要求其补缴当期税款瑟滞纳金，并可按规定对其处以罚款，情节严重的移送稽查。 2、虚假申报享受税收优惠的纳税人直接评定为D级纳税人，承担D级纳税人后果。 3、对长期零申报且持有发票的纳税人，发票降版量。同时可以按规定要求纳税人定期前往税务机关对发票的使用进行核查。 4、税务机关通过核查，可以按照相关规定采用成本费用公式核定纳税人收入。