不能，根据《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发[2006]156）规定，一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》，且此《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。待主管税务机关对一般纳税人填报的《申请单》进行审核后，出具《开具红字增值税专用发票通知单》。销售方凭购买方提供的《通知单》开具红字专用发票，在防伪税控系统中以销项负数开具。因此，对认证时已超出90天认证期限的专用发票，由于无法认证，不得申请出具《通知单》。