单独核算可以采用以下两种方式实现 （1）在单位会计核算系统中单独设置会计科目，对专项经费及自筹经费分别进行单独核算。 （2）通过在会计核算系统或账簿中，在相关会计科目下通过设置项目辅助核算、关键字段等方式，对项目专项经费和自筹经费分别单独核算。 专项经费单独核算是项目承担单位加强专项经费管理，确保专项经费做到专款专用的最直接有力的手段，也是项目主管部门和各级监管机构履行监管责任的抓手，更是项目预算执行、结题财务验收的基础。明文规定的。 单位要重视单独核算的要求，加强对科研项目管理政策的学习，构建内部科研、财务、资产等管理部门的协调工作机制，切实落实法人责任，确保科研专项经费使用的公开、透明，确保财政性资金发挥最大的效益。