公司一共是两个公司，分别是有个总公司和分公司，公司是属于食品有限公司，总公司是负责销售，分公司主要负责把农产品购进来进行加工，但是因为分公司购进来的农产品对方没有办法给开票得，只有总公司才有资格开收购农产品发票，导致两个公司的业务没有分开，现在是总公司开具给总公司的收购发票，总公司又负责销售出去，但是分公司的业务一直没有，但是楼下也有生产员工，实际上是分公司收购农产品再进行包装加工，总公司再销售的，，怎么解决分公司和总公司的账务，这种情况怎么处理比较好