我司是农业企业一般纳税人，主营种植蔬菜，蔬菜初加工，销售蔬菜，总部在深圳，客户也是深圳各大超市。基地在其他地方，基地开具收购发票，由于我们农产品是免税的，有必要设置销项税额和进项税额两个科目吗？还是直接按票面金额入账，另外有些开过来的专票不能抵扣，是否要认证然后做进项税额转出？