1、 一般纳税人 （1）转让2016年4月30日前取得的土地使用权，可选择适用一般计税方法，也可以按财税〔2016〕47号文件规定选择适用5%的征收率差额征税。 （2）转让2016年5月1日后取得的土地使用权，则必须采用一般计税方法，且不适用减去土地使用权原价的差额扣除，根据《国家税务总局关于发布〈房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法〉的公告》（国家税务总局公告2016年第18号）规定，房地产开发企业中的一般纳税人销售自行开发的房地产项目，适用一般计税方法计税，按照取得的全部价款和价外费用，扣除当期销售房地产项目对应的土地价款后的余额计算销售额。这里只规定了房地产公司销售自行开发房地产项目可以适用土地差额扣除，其他没有差额扣除的文件依据。 2、 小规模纳税人 （1）转让2016年4月30日前取得的土地使用权，可以选择按3%的征收率全额计税，也可以选择按财税〔2016〕47号文件规定采用5%的征收率差额计税。 （2）转让2016年5月1日后取得的土地使用权，根据《营业税改征增值税试点实施办法》第十六条只能适用3%的征收率全额计税。