在计算库存商品生产成本时，应该按照以下步骤处理原材料、直接人工和制造费用：
1. 原材料成本处理：将购买的原材料成本计入原材料库存账户。当原材料被使用时，将其成本转入制造工程账户。未使用的原材料成本将继续保留在原材料库存账户中。
2. 直接人工成本处理：将直接人工成本计入制造工程账户。直接人工成本是指直接用于生产特定产品的劳动力成本，如直接工人的工资和福利费用。
3. 制造费用处理：制造费用包括间接人工成本和制造间接费用。间接人工成本是指用于生产过程中不直接与特定产品相关的劳动力成本，如监督员的工资和福利费用。制造间接费用包括间接材料成本、间接人工成本以及制造过程中的其他费用，如设备折旧和维护费用、租金和水电费等。这些制造费用应该按照某种合理的分配方法分配到制造工程账户中。

综上所述，原材料成本、直接人工成本和制造费用都应该计入制造工程账户，以计算库存商品的生产成本。