通行费抵扣进项税是指企业在购买通行费时，可以将其作为进项税额进行抵扣，减少应纳税额。在会计凭证中，通行费抵扣进项税分录可以按照以下方式体现：
1. 当企业购买通行费时，假设金额为1000元，其中包含200元的增值税。会计凭证的借方记载购买通行费的费用账户，金额为1000元；贷方记载应交增值税的科目，金额为200元。
借：购买通行费 1000
贷：应交增值税 200
2. 当企业将通行费抵扣进项税时，假设抵扣金额为100元。会计凭证的借方记载应交增值税的科目，金额为100元；贷方记载应收账款的科目，金额为100元。

借：应交增值税 100
贷：应收账款 100

通过以上分录，可以体现通行费抵扣进项税的处理。其中，购买通行费的费用账户和应交增值税的科目根据企业的具体会计科目设置而定，需要根据实际情况进行调整。