公司员工的公积金缴纳应该按照以下会计分录进行：
1. 当公司支付员工公积金时：
借：公积金费用（或人工费用）
贷：应付工资（或应付薪酬）- 公积金部分
贷：应付税费 - 公积金部分
2. 当公司将员工公积金缴纳给相关机构时：
借：应付工资（或应付薪酬）- 公积金部分
借：应付税费 - 公积金部分
贷：银行存款（或现金）

请注意，具体的会计科目名称可能会根据公司的会计制度和实际情况而有所不同。因此，在进行会计分录时，请根据公司的具体情况和会计准则进行调整。